En bref
Un virus connu jusque-là chez les animaux a été détecté chez un homme en France, qui est mort après une grave inflammation du cerveau. Rien ne montre aujourd’hui que le virus se transmet entre personnes ou qu’il provoque une épidémie. Cette découverte rappelle toutefois qu’il faut surveiller les virus transmis par les insectes, surtout chez les personnes dont les défenses naturelles sont très affaiblies.
Un cas exceptionnel, six décennies après la découverte du virus
Découvert pour la première fois chez des bovins au Nigeria en 1965, le virus de Shamonda a longtemps été considéré comme un agent infectieux touchant les animaux. Il s’agit, selon les informations disponibles, de la première infection humaine documentée et du premier décès connu attribué à ce virus. La description médicale publiée dans la revue Eurosurveillance est importante : elle fait entrer le virus dans le champ des risques potentiels pour l’être humain, sans pour autant démontrer qu’il s’y transmet fréquemment.
Le patient, âgé de 61 ans, était soigné pour une leucémie dans un hôpital civil de Lyon. Il avait reçu une greffe de cellules souches, un traitement qui peut fortement affaiblir les défenses immunitaires. Il a développé une encéphalite, c’est-à-dire une inflammation du cerveau, accompagnée de troubles neurologiques, dont la cécité et la confusion. Les auteurs du rapport estiment que le virus pourrait être à l’origine de ces symptômes.
Son état s’est ensuite dégradé et il est tombé dans le coma. Le 9 octobre 2026, il est mort après l’arrêt des appareils qui le maintenaient en vie. Ce cas ne permet pas de tirer des conclusions sur ce qui arriverait à la population générale, mais il montre qu’une infection rare peut avoir des conséquences extrêmement graves chez une personne dont le système immunitaire est très affaibli. Le fait qu’il s’agisse du premier décès connu ne signifie pas que toutes les infections par ce virus seraient mortelles : les données sur les cas humains restent très limitées.
Comment un virus du bétail a-t-il atteint l’être humain ?
Les premiers éléments orientent les recherches vers de petits insectes piqueurs qui se nourrissent de sang, les moucherons du genre Culicoides. Les ministères français de la Santé et de l’Agriculture soupçonnent que l’homme a été infecté par la piqûre d’un insecte dans l’est de la France, où le virus a été repéré chez plusieurs animaux. Les autorités françaises ont communiqué leurs résultats à l’Organisation mondiale de la Santé et au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies.
La façon dont le virus est parvenu jusqu’au patient fait toujours l’objet d’investigations. Rien dans les informations disponibles ne suggère qu’il ait été contaminé par une autre personne. Gregory Destra, virologue clinicien à l’hôpital de Lyon et coauteur du rapport, souligne que les données actuelles ne laissent pas penser que le virus de Shamonda va se transmettre de plus en plus souvent entre humains. Il avance toutefois une hypothèse : le virus aurait pu pénétrer dans l’organisme plusieurs semaines avant l’apparition des symptômes neurologiques, puis s’y multiplier pendant une période d’incubation relativement longue.
Cette hypothèse aide à comprendre pourquoi il est difficile de relier une encéphalite inhabituelle à un virus précis. Un délai peut s’écouler entre une éventuelle piqûre infectante et le début de la maladie, et les symptômes peuvent ressembler à ceux d’autres affections. Le diagnostic est d’autant plus délicat chez une personne traitée pour une leucémie et ayant reçu une greffe de cellules souches. La découverte d’un seul cas ne suffit donc ni à établir la voie de transmission ni à mesurer le risque que d’autres infections surviennent.
Un virus animal présent chez plusieurs espèces
Le virus de Shamonda ne touche pas seulement les bovins : il a aussi été détecté chez des moutons, des chèvres, des chevaux et des alpagas. Chez les animaux, les symptômes varient et peuvent comprendre de la fièvre, de la diarrhée et une baisse de la production de lait. Le virus peut infecter différentes espèces, mais il ne semble pas se propager facilement d’un animal à l’autre et il est rarement mortel chez les adultes. Les femelles gestantes sont particulièrement exposées : le virus peut atteindre le fœtus et entraîner une fausse couche, la mort du fœtus avant la naissance ou des malformations.
Le virus a été signalé dans plusieurs pays d’Afrique et au Japon. Sa présence en Europe a été rapportée pour la première fois au cours de l’été de cette année. D’après les données citées, il a été trouvé chez des animaux d’élevage dans 14 pays européens. Plus tôt cette année, deux lignées génétiques récentes ont également été identifiées et baptisées SHAV-EU1 et SHAV-EU2. Des analyses génétiques ont révélé la présence de traces de la lignée SHAV-EU1 dans des échantillons de liquide entourant le cerveau et la moelle épinière, ainsi que dans des échantillons d’urine et de salive du patient décédé, entre autres prélèvements.
Suivre ces lignées génétiques ne relève pas seulement de la classification. La comparaison du matériel génétique prélevé chez des animaux, des insectes et des humains pourrait permettre de mieux comprendre les voies de propagation du virus et les changements qu’il a connus. Toutefois, trouver une lignée dans un prélèvement humain ne permet pas, à lui seul, de savoir où ni quand l’infection a eu lieu. Cela ne prouve pas non plus qu’une transmission continue entre personnes existe. Pour répondre à ces questions, il faudra disposer de données bien plus nombreuses que celles fournies par un cas isolé.
Que sait-on du risque de propagation ?
Le virus de Shamonda appartient au groupe Simbu et au genre Orthobunyavirus. On trouve dans le même groupe et le même genre le virus Oropouche, également appelé « fièvre du paresseux ». Entre 1960 et 2025, ce virus a été associé à environ 9,4 millions d’infections humaines en Amérique latine et dans les Caraïbes. Cet exemple montre que certains virus proches dans la classification peuvent représenter un lourd fardeau pour la santé humaine. Il ne signifie pas que Shamonda suivra la même trajectoire : une proximité dans la classification ne veut pas dire que deux virus ont la même capacité à infecter les humains ou à se transmettre entre eux.
Natasha Tilston-Lunell, virologue à l’Indiana University School of Medicine, estime que ces comparaisons sont utiles, à condition de les interpréter avec prudence. Elle rappelle que le virus de Schmallenberg, proche de Shamonda, est largement répandu chez les animaux d’élevage sans qu’on lui connaisse d’infections humaines. Au vu des données actuelles, elle juge donc possible que le risque d’infection humaine par Shamonda soit lui aussi limité. Natasha Tilston-Lunell n’a pas participé à la préparation du nouveau rapport.
Mais le fait que les infections semblent rares ne règle pas la question, notamment parce que la surveillance des cas humains n’est pas exhaustive. Certaines encéphalites chez des personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies pourraient rester sans cause identifiée, et les patients ne sont pas toujours soumis à des tests visant des virus inattendus. Martin Beer, vétérinaire et virologue au Friedrich-Loeffler-Institut, en Allemagne, indique que des encéphalites inexpliquées ont été observées chez des personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies, infectées par d’autres virus du genre Orthobunyavirus, notamment Jamestown Canyon et Cache Valley.
Le rôle des insectes et de la météo dans la transmission
Les virus du groupe Simbu sont principalement transmis par les moucherons piqueurs. Martin Beer explique que ces insectes peuvent propager rapidement une infection, surtout en été et en automne, lorsque les conditions leur sont favorables. En hiver, la transmission ralentit, car les moucherons piqueurs deviennent très peu nombreux. De plus, selon lui, à des températures inférieures à environ 12 degrés Celsius, le virus ne peut pas se multiplier efficacement.
Cette saisonnalité aide à comprendre pourquoi des virus peuvent apparaître dans de nouvelles régions et à déterminer à quelle période concentrer la surveillance. Elle ne suffit toutefois pas à évaluer le risque pour les humains. La présence du virus et de l’insecte vecteur dans une même zone ne signifie pas automatiquement que des personnes seront infectées. De même, la découverte d’un cas ne prouve pas que les insectes transmettent régulièrement le virus aux humains. Un porte-parole du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies estime qu’il faut mieux comprendre les voies de transmission et le rôle des insectes vecteurs dans les infections humaines.
Pourquoi renforcer la surveillance maintenant ?
La première priorité scientifique consiste à déterminer si le cas français est une exception rare ou si des infections moins graves ont échappé au diagnostic. Gregory Destra propose d’analyser des échantillons conservés provenant de personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies en France afin d’y rechercher des traces du virus qui auraient pu passer inaperçues au moment de la maladie. Cette approche pourrait aider à estimer l’ampleur de l’exposition, mais elle dépend de la disponibilité d’échantillons appropriés et de tests capables de distinguer Shamonda des virus qui lui sont proches.
Il est également important d’élargir la surveillance des animaux, notamment des bovins et des fœtus issus de fausses couches, tout en suivant les insectes vecteurs. L’examen des seuls animaux ne permettrait pas nécessairement de repérer toutes les étapes du cycle de transmission. La recherche du virus chez les moucherons pourrait, elle, aider à cartographier sa présence et à repérer les périodes où ils sont actifs. L’analyse du matériel génétique dans les prélèvements humains pourrait aussi révéler des liens entre les virus détectés chez des personnes et chez des animaux, ou mettre en évidence des changements qui méritent d’être étudiés davantage.
Natasha Tilston-Lunell appelle aussi à recueillir davantage d’informations sur les anticorps contre Shamonda chez les humains. Leur présence pourrait révéler une exposition antérieure au virus, même si la maladie n’a jamais été diagnostiquée comme une infection par Shamonda. Si des expositions humaines passées sont mises en évidence, ces données aideront à déterminer si l’infection est rare et généralement sans symptômes marqués, ou si elle présente un risque plus élevé pour certains groupes, notamment les personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies. À l’heure actuelle, il n’existe aucun vaccin protégeant les animaux ou les humains contre le virus de Shamonda.
Toutes ces mesures servent à surveiller le virus et à mieux le comprendre ; elles ne prouvent pas qu’une épidémie humaine soit imminente. Selon l’évaluation scientifique actuelle, rien n’indique que les infections se multiplient entre humains. Il reste toutefois impossible d’exclure l’existence de cas non détectés ou une évolution du niveau de risque à mesure que la surveillance s’améliore. Il est essentiel de distinguer une possibilité d’un fait établi : le virus est connu chez les animaux, tandis que les connaissances sur son comportement chez les humains reposent encore sur un seul cas documenté.
Conclusion
La mort d’un homme de 61 ans en France a révélé la première infection humaine connue par le virus de Shamonda, après des décennies où celui-ci était associé aux animaux et aux insectes qui le transmettent. Le patient a souffert d’une encéphalite mortelle, mais rien ne montre pour l’instant que le virus se propage entre humains ou qu’il provoque une épidémie de grande ampleur. Il faut désormais préciser l’origine de l’infection, rechercher d’éventuels cas passés chez des personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies et surveiller les moucherons, les animaux et les changements génétiques du virus. Ces travaux permettront de savoir si ce cas est tout à fait exceptionnel ou s’il révèle un risque qui, jusqu’ici, était passé inaperçu.